《广东省地方税务局关于对补发以往月份工资计算个人所得税问题的通知》（粤地税发[1999]239号）规定，对纳税人领取补发以往月份的工资（含津贴，补贴），可以把补发的工资分摊回所属月份工资薪金所得合并计征个人所得税。其计算公式如下：所属月份补发工资应纳税额＝-原所属月份已缴纳的个人所得税。
但陕西省未见对此明确规定，建议企业可与当地税务机关进行协商。
二、年金的处理：
《国家税务总局关于企业年金个人所得税征收管理有关问题的通知》（国税函[2009]694号）文件规定，企业年金的企业缴费计入个人账户的部分（以下简称企业缴费）是个人因任职或受雇而取得的所得，属于个人所得税应税收入，在计入个人账户时，应视为个人一个月的工资、薪金（不与正常工资、薪金合并），不扣除任何费用，按照“工资、薪金所得”项目计算当期应纳个人所得税款，并由企业在缴费时代扣代缴。
对企业按季度、半年或年度缴纳企业缴费的，在计税时不得还原至所属月份，均作为一个月的工资、薪金，不扣除任何费用，按照适用税率计算扣缴个人所得税。
根据上述规定，对于在补发工资时直接从个人应补发工资中扣除的以前年度年金个人缴纳部分，不应从其应纳税所得额中扣除。
因此，问题所述的补扣年金3600元，不能从补发工资中扣除，补发工资的13000元则视当地是否允许分摊到所补发的所属期中，如果允许分摊则将其加到各月工资中进行计算缴纳个人所得税，。