工程合同档案是工程建设档案的重要组成部分，工程合同档案的完备程度将直接影响到工程项目的竣工验收和项目后评价。实际上，在工程建设过程中，工程合同档案的收集、整理、归档和移交等工作贯穿于合同管理的全过程。因此，工程合同档案管理也同样是工程建设合同管理的一项重要内容。
一、对工程合同档案管理工作必须高度重视
各有关部门对工程合同档案管理工作必须高度重视。
第一，应指定专人负责，对收集上来的各类合同文件资料，严格依据国家及项目法人有关规定进行整理和归档，从源头上做好合同档案管理工作。同时，各部门应不定期开展合同档案管理工作的自查自纠，发现问题，及时纠正，防患于未然。
第二，合同归口管理部门要利用开展合同管理监督检查的机会，加强对合同档案管理工作的检查，并把这项工作列为一项常态化的工作。
第三，档案管理部门要加强对合同档案管理工作的业务指导，切实帮助各有关单位强化档案意识，提高档案管理的工作水平。
二、各类工程合同档案文件资料必须真实完整。
合同档案是工程建设档案的重要组成部分，是反映工程建设真实情况的基本资料，是工程项目竣工验收的重要依据。为此，在合同档案的收集、整理和归档过程中，必须确保各类合同文件资料的完整性和真实性。这就要求各有关单位的所有合同档案管理专职人员，必须牢固树立法律意识，认真学习领会《档案法》及有关档案管理规定，在合同档案管理工作中加强责任意识，努力提高业务水平和去伪存真的能力，认真做好各自的工作。
三、工程合同档案管理工作必须规范有序。
合同档案管理是一个环环相扣的过程化管理，任意一个环节不规范就可能造成档案的失实或缺失。为此，相关专业管理部门应通力协作，共同做好相关的工作。
第一，合同履约责任部门负责收集、整理合同履行过程中的各类原始资料，建立合同档案，合同履行完毕或合同的权利义务终止后，及时将全套合同资料提交合同主管部门归档。
第二，合同主管部门按规定及时将合同档案移交档案管理部门存档。合同档案资料包括合同协议书、合同条款、有关纪要等文件。招标项目还应包括招投标的全套档案资料。
第三，合同文件存档后，正本不得外借，副本外借时，要按规定办理好借阅手续，并及时**，以免档案遗失或损毁。
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